SFR Santé Lyon-Est

Présentation et Mission

SEGiCel, le Service d’édition génétique de Cænorhabditis elegans, est un plateforme de service dédiée à la communauté scientifique française et spécialisée dans l'édition du génome du nématode modèle Caenorhabditis elegans.

Grâce aux technologies d’édition du génome CRISPR/Cas9, SEGiCel réalise des modifications ciblées telles que l’introduction de mutations ponctuelles, la délétion de gènes, ou l’insertion de séquences codantes (ex. protéines fluorescentes).

Historique

Après 10 ans d'existence comme Unité Mixte de Service (UMS 3421) du CNRS, SEGiCel a rejoint la SFR Santé Lyon-Est de l’Université Claude Bernard Lyon 1 en janvier 2021.
SEGiCel continue de bénéficier du soutien du CNRS en terme de moyens humains et matériels.
Installé dans les locaux de la faculté de médecine Rockefeller, SEGiCel bénéficie d'un environnement idéal, au plus près des équipes travaillant sur ce modèle dans le laboratoire MeLiS, ce qui permet de maximiser les échanges scientifiques et techniques.

Objectifs

SEGiCel est une plateforme de service dédiée à la communauté scientifique française, autant pour la recherche fondamentale que clinique. Elle a pour vocation de mutualiser un savoir-faire à l'échelle nationale et de conseiller les équipes qui souhaitent réaliser des projets d'ingénierie du génome de C. elegans.

En chiffres

Au cours de cinq dernières années, la plateforme a produit plus de 600 lignées pour 17 équipes de recherche.

Afin de reconnaître l'activité de SEGiCel, merci d'inclure la mention suivante dans vos publications:
"Some strains were generated by SEGiCel (SFR Santé Lyon Est CNRS UAR 3453, Lyon, France) with the support of CNRS and IBiSA."

Labellisation - IBiSA 2024

En novembre 2024, SEGiCel a reçu pour la première fois le label IBiSA. Le GIS IBiSA coordonne la politique nationale de labellisation et de soutien aux infrastructures nationales de recherche en biologie et santé (INBS). SEGiCel rejoint ainsi ce réseau de plus de 200 plateformes nationales.

Labellisation - Celphedia

En avril 2024, SEGiCel a intégré le cercle partenaire de l’IR CELPHEDIA. Sa mission est de soutenir la communauté scientifique universitaire et industrielle afin d'accélérer les découvertes en biologie et d'améliorer la recherche biomédicale. CELPHEDIA permet d'accéder à la plupart des grands organismes modèles, pour répondre aux questions de la biologie moderne, intégrative et systémique, mais aussi aux défis de notre société. Cet accès unique est une opportunité pour développer des approches scientifiques et technologiques multi-modèles dans les étapes de création, de phénotypage ou d'archivage. L'objectif est de développer et de pérenniser des méthodologies innovantes, standardisées et parallèles, entre les organismes modèles concernés, afin de les mettre au service de la communauté scientifique.

Personnels de SEGiCel

Margaux GIBERT

Ingénieure d'étude, IE CNRS

Marielle LIMOGES

Ingénieure d'étude, CDD

Thomas BOULIN

Directeur, DR2 CNRS

Le nématode Caenorhabditis elegans

Le nématode C. elegans est un organisme modèle génétique qui est utilisé par une grande communauté de recherche internationale pour aborder un large éventail de questions biologiques et de processus physiopathologiques.

Avec l'avènement des technologies d'édition de gènes CRISPR/Cas9, il est devenu possible de générer très rapidement et à un coût très modeste tout types des modifications du génome de C. elegans.

Ainsi nous pouvons générer des mutations ponctuelles, des délétions, des insertions de séquences codantes (ex. protéines fluorescentes), ou remplacer des séquences.

Méthode de travail

Adressez votre demande initiale à segicel@univ-lyon1.fr en décrivant brièvement vos besoins. Si SEGiCel est en mesure de prendre en charge votre demande, nous préciserons les objectifs, la faisabilité et les délais de réalisation du projet par visio-conférence. Cette étape permet aussi de définir les choix techniques et discuter de contraintes expérimentales spécifiques.

Une fois qu'une demande est acceptée par SEGiCel, nous préparerons la stratégie détaillée en coordination avec vous et en tenant compte des données de la littérature.

Toutes les lignées obtenues sont validées par séquençage Sanger et accompagnées d'un rapport détaillé. SEGiCel assure également le stockage cryogénique de toutes les lignées produites.

Ressources génétiques

Nous disposons d'une large collection de séquences codant des protéines fluorescentes adaptées à C. elegans.

Il est également possible de nous faire parvenir des séquences spécifiques pour votre projet, et nous pouvons vous conseiller sur le choix de rapporteurs en fonction des équipements d'imagerie à votre disposition.

Offres de Stage

Tout au long de l'année, SEGiCel accueille des stagiaires à tous les niveaux de leur formation et intéressés par une expérience professionnelle sur une plateforme de service de biotechnologie.

Durant ce stage vous apprendrez à manipuler C. elegans et les dernières techniques de biologie moléculaire.

Adressez votre candidature (parcours, CV, lettre de motivation) à Thomas BOULIN par e-mail.

Stagiaires SEGiCel

Théodore PELLETIER RIMBERT
2ème année BTS Biotechnologies Lycée La Martinière Duchère Lyon 9ème.
En stage de Janvier à Mars 2021.

Lisa ROLLET
1ère année BTS Biotechnologies Lycée La Martinière Duchère Lyon 9ème.
En stage de Mai à Juillet 2021.

Publications

2026

Mialon M, Patrash L, Granger L, Alexis W, Özkan E, Bessereau JL, Pinan-Lucarre B.
PA trans-synaptic IgLON adhesion molecular complex directly contacts and clusters a nicotinic receptor. Nature Communications. 2026 Jan 22;17(1):1404. doi: 10.1038/s41467-025-68141-1. PMID: 41571644

Dieng J, Singh H, Michaux G, Pacquelet A.
Partial coupling of proliferation and differentiation programs during Caenorhabditis elegans intestine development. Development 2026 Jan 15;153(2):dev205144. doi: 10.1242/dev.205144. Epub 2026 Jan 28. PMID: 41472615

2025

Cizeron M, Dumas A, Le Reun S, Granger L, Jospin M, Romatif O, Vachon C, Le Guern D, Valfort AC, Bessereau JL.
The nonfibrillar multiplexin collagen CLE-1 defines cholinergic synapse identity. Science Advances 2025 Nov 21;11(47):eadz1291. doi: 10.1126/sciadv.adz1291. Epub 2025 Nov 19. PMID: 41259523

Sechi S, Galaup C, Jospin M, Boulin T.
Functional validation of human SK channels variants causing NEDMAB and Zimmermann-Laband syndrome-3 in C. elegans. Brain Communications 2025 2025 Sep 16;7(5):fcaf351. doi: 10.1093/braincomms/fcaf351. PMID: 41040851

Roumbo L, Ossareh-Nazari B, Vigneron S, Stefani I, Van Hove L, Legros V, Chevreux G, Lacroix B, Castro A, Joly N, Lorca T, Pintard L.
The MAST kinase KIN-4 carries out mitotic entry functions of Greatwall in C. elegans. EMBO Journal 2025 Apr;44(7):1943-1974. doi: 10.1038/s44318-025-00364-w. Epub 2025 Feb 17. PMID: 39962268

Sonntag T, Omi S, Andreeva A, Valotteau C, Eichelbrenner J, Chisholm AD, Ward JD, Pujol N.
A defining member of the new cysteine-cradle family is an aECM protein signalling skin damage in C. elegans. PLoS Genet. 2025 Mar 20;21(3):e1011593. doi: 10.1371/journal.pgen.1011593 PMID: 40112269

Aguilar GR, Vidal B, Ji H, Evenblij J, Liao CP, Ji H, Valperga G, Fang-Yen C, Hobert O.
Functional analysis of conserved C. elegans bHLH family members uncovers lifespan control by a peptidergic hub neuron. PLoS Biology 2025 Jan 6;23(1):e3002979. doi: 10.1371/journal.pbio.3002979. PMID: 39761329

Mehraj A, Mimbré R, Pelletier K, Singh V, Félix MA.
A polymorphic inframe deletion in the ODR-10 extracellular loop 2 abolishes diacetyl sensing. MicroPubl Biol. 2025 Jul 26;2025:10.17912/micropub.biology.001722. doi: 10.17912/micropub.biology.001722. PMID: 40852036

2024

Andrini O, Ben Soussia I, Tardy P, Walker DS, Peña-Varas C, Ramírez D, Gendrel M, Mercier M, El Mouridi S, Leclercq-Blondel A, González W, Schafer WR, Jospin M, Boulin T.
Constitutive sodium permeability in a C. elegans two-pore domain potassium channel. Proc Natl Acad Sci U S A. 2024 Oct 22;121(43):e2400650121. doi: 10.1073/pnas.2400650121. Epub 2024 Oct 15. PMID: 39405352

Mignerot L, Gimond C, Bolelli L, Bouleau C, Sandjak A, Boulin T, Braendle C.
Natural variation in the Caenorhabditis elegans egg-laying circuit modulates an intergenerational fitness trade-off. Elife. 2024 Apr 2;12:RP88253. doi: 10.7554/eLife.88253 PMID: 38564369

Correa E, Mialon M, Cizeron M, Bessereau JL, Pinan-Lucarre B, Kratsios P.
UNC-30/PITX coordinates neurotransmitter identity with postsynaptic GABA receptor clustering. Development. 2024 Aug 15;151(16):dev202733. doi: 10.1242/dev.202733. Epub 2024 Aug 27. PMID: 39190555

Peysson A, Zariohi N, Gendrel M, Chambert-Loir A, Frébault N, Cheynet E, Andrini O, Boulin T.
Wnt-Ror-Dvl signalling and the dystrophin complex organize planar-polarized membrane compartments in C. elegans muscles. Nat Commun. 2024 Jun 10;15(1):4935. doi: 10.1038/s41467-024-49154-8.

Demouchy F, Nicolle O, Michaux G, Pacquelet A.
PAR-4/LKB1 prevents intestinal hyperplasia by restricting endoderm specification in Caenorhabditis elegans embryos. Development. 2024 Jan 1;151(1):dev202205. doi: 10.1242/dev.202205. Epub 2024 Jan 4. PMID: 38078543.

González R, Félix MA.
Naturally-associated bacteria modulate Orsay virus infection of Caenorhabditis elegans. PLoS Pathog. 2024 Jan 17;20(1):e1011947. doi: 10.1371/journal.ppat.1011947.

2023

Florin F, Bonneau B, Briseño-Roa L, Bessereau JL, Jospin M.
Calcineurin-Dependent Homeostatic Response of C. elegans Muscle Cells upon Prolonged Activation of Acetylcholine Receptors. Cells. 2023 Sep 3;12(17):2201. doi: 10.3390/cells12172201.

2021

Bidaud-Meynard A, Demouchy F, Nicolle O, Pacquelet A, Suman SK, Plancke CN, Robin FB, Michaux G.
High resolution dynamic mapping of the C. elegans intestinal brush border. Development. 2021 Oct 27:dev.200029. doi: 10.1242/dev.200029.

2019

Bidaud-Meynard A, Nicolle O, Heck M, Le Cunff Y, Michaux G.
A V0-ATPase-dependent apical trafficking pathway maintains the polarity of the intestinal absorptive membrane. Development. 2019 Jun 5;146(11):dev174508. doi: 10.1242/dev.174508.

Contacts et Accès

SEGiCel
SFR Santé Lyon-Est (CNRS UMS3453 - INSERM US7)
Université Claude Bernard Lyon 1
3ème étage, aile D
8 avenue Rockefeller
69373 Lyon Cedex 08

segicel@univ-lyon1.fr